En 1856, les Frères de la Doctrine Chrétienne décident la construction d’un nouvel établissement sur la butte Saint Charles. En 1860, le pensionnat Sainte Marie reçoit ses premiers élèves. L’architecte Henri Condamin et les entrepreneurs Vial et Sicard gravent leurs noms sur le petit oratoire.

Au sous-sol qui donne de plain-pied sur le jardin, il y avait le réfectoire et les cuisines, au premier, cabinets, laboratoires et classes et les dortoirs dans les 2 derniers étages : 500 lits.

A la fin de l’année 1860, on inaugure la chapelle. Un grand mur de soutènement est construit dans le chemin Saint Charles (bd Flammarion) avec au milieu deux pavillons reliés par un portail en fer encadrant un escalier à double-volée. Une statue de la vierge occupait la niche actuellement vide.

On comptait au pensionnat surtout des fils de marins et boursiers « cochinchinois », originaires d’une colonie vietnamienne longtemps fidèle à Saint Charles.

• 1902 Expulsion des frères
• 1909 Annexé au Grand Lycée (Thiers)
• 1912 Saint Charles absorbe les pensionnaires du Petit Lycée de la Belle de Mai
• 1914 Réquisition par l’armée
• 1921 Cursus scolaire complet
• 1929 Les deux annexes Périer et Saint Charles deviennent indépendantes. Le nom de Henri Brisson est repoussé pour conserver celui du quartier Saint Charles
• 1947 Partition Périer / Saint Charles. A la libération l’effectif atteint les 2000 avec l’annexe Longchamp et Grobet
• 1958 Nouvelle aile des sciences
• 1966 Fermeture de l’internat
• 1968 Gymnase
• 1970 Piscine municipale
• 1977 Partition collège-lycée
• 1983-1986 Le premier cycle est transféré au lycée Longchamp alors que le deuxième cycle de cet établissement est intégré au lycée Saint Charles
• Sept. 1989 Création de la classe préparatoire économique et commerciale
• Sept. 1992 Création de la classe de TG3
• 1993-1996 Réhabilitation des locaux par le conseil Régional

On notera parmi le corps enseignant Edouard DALADIER, professeur d’histoire et Georges POMPIDOU, professeur de lettres classiques, devenus les hommes politiques que l’on sait. Par ailleurs, un répétiteur d’anglais accédera à la gloire littéraire : Marcel PAGNOL.